O Colégio Bom Conselho é um espaço de promoção dos valores cristãos e franciscanos que dão sustentação à proposta político-pedagógica com um jeito próprio de vivenciar os princípios de Educação Franciscana. O Serviço de Pastoral Escolar é responsável pela sustentação dos princípios e valores que animam a comunidade escolar. 

O Serviço de Pastoral Escolar define anualmente os eixos temáticos, que perpassam toda a ação pastoral do Colégio Nossa Senhora do Bom Conselho. Um dos eixos temáticos anualmente assumido pela Comunidade Escolar, na abordagem interdisciplinar, é a Campanha da Fraternidade do ano em curso.